10x Genomics 單細胞免疫譜測序
可同時檢測單細胞轉錄組及B細胞、T細胞的多樣性
通過Feature Barcoding技術,還可檢測細胞表面蛋白和抗原特異性
加速對適應性免疫反應的研究和理解
10x Genomics 利用5'端接頭的通用引物和免疫分子恒定區(qū)的巢式引物進行T細胞和B細胞的V(D)J富集,從而實現(xiàn)高通量的單細胞轉錄組測序和成對的重鏈和輕鏈(B細胞)或α和β鏈(T細胞)的全長測序。為免疫組庫全面、系統(tǒng)的研究提供了高效的技術平臺,對疾病發(fā)生、發(fā)展的分子機制研究有重要的意義。
技術優(yōu)勢:
(1)可實現(xiàn)成對的重鏈和輕鏈(B細胞)或α和β鏈(T細胞)的全長測序;
(2)精細到單細胞水平,能獲得大量單細胞的免疫組庫數(shù)據(jù);
(3)同批樣本可同時獲得mRNA表達譜數(shù)據(jù)和免疫組庫數(shù)據(jù);
(4)靈活的獲取量,可在7分鐘內封裝100-80000個單細胞,進而建庫測序。
應用領域:
(1)抗體的鑒定和新抗體的發(fā)現(xiàn);
(2)揭示Ig 庫的發(fā)展,繪制全局Ig 庫;
(3)研究傳染性疾病,如感染發(fā)展中的抗體進化譜系等;
(4)研究免疫失調疾病的V(D)J 重組傾向性,尋找免疫失調疾病的標記物;
(5)癌癥早期檢測、癌癥進程和復發(fā)診斷的標記物以及腫瘤免疫機制的研究。
樣本準備:
(1)細胞類型:T細胞、PBMC、 B細胞、腫瘤細胞;
(2)細胞來源:血液提取、磁珠富集、流式分選、組織解離、體外擴增、冷凍保存;
(3)細胞大小:直徑<40 μm;
(4)細胞濃度:5×105~1.2×106/ml;
(5)細胞活性:>90%;
(6)細胞數(shù)目:≥ 1×105 cells/sample。
(7)保存運輸:為了減少運輸過程及反復凍融對細胞造成的損傷,攸碧艾提供上門服務!
應用案例:
Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment, Cell, 2018.
本文研究人員從8名乳腺癌患者的腫瘤樣本及配對的正常乳腺組織、血液和淋巴結樣本中獲得45,000個免疫細胞,開展單細胞RNA測序實驗。利用SEQC流程、Biscuit算法等,對這些免疫細胞進行聚類和鑒定。
后期,研究人員又通過10x Genomics Chromium平臺,對來自3個額外乳腺癌組織的27,000多個T細胞,進行配對的單細胞RNA測序和TCR測序。
最終,該研究獲得了一份乳腺癌微環(huán)境中多種免疫表型的單細胞圖譜,這份圖譜反映了適應性和先天免疫系統(tǒng)在免疫細胞上的多樣性,以及與周圍組織相關的巨大變化。