宏基因組shotgun方法測序
宏基因組shotgun方法測序，是對特定環(huán)境樣品中的微生物群體基因組（尤其是那些種類眾多的難于培養(yǎng)的微生物），進行序列測定和功能基因的發(fā)掘，來分析微生物群體基因組成及功能，解讀微生物群體的多樣性與豐度，發(fā)掘和研究新的、具有特定功能的基因。
目前宏基因組學(xué)研究在發(fā)現(xiàn)新基因，開發(fā)新的微生物活性物質(zhì)，研究微生物群落結(jié)構(gòu)及功能方面得到廣泛的應(yīng)用，宏基因組測序技術(shù)為微生物的研究和發(fā)展提供了很好的策略。
技術(shù)線路：
樣本準(zhǔn)備：
（1）樣品類型：人體微生物的基因組DNA（雙鏈DNA序列）。
（2）樣品的量：構(gòu)建小片段文庫，DNA樣品總量不低于3μg。
（3）樣品質(zhì)量：OD260/280值應(yīng)在1.8～2.0 之間；樣品的主帶應(yīng)在23kb以上，保證基因組無降解。
（4）樣品濃度：樣品的濃度越高越好，最低不應(yīng)低于50ng/μl。
（5）送樣要求：寄送樣品最好保持低溫環(huán)境，##好的方法是凍干郵寄，其次是溶于TE，當(dāng)然也可以溶于雙蒸水，樣品必須注明溶劑成分。
數(shù)據(jù)分析：
應(yīng)用案例：
通過研究牛的消化機制，來尋找可用于生產(chǎn)第二代生物燃料的酶。 研究者將柳枝稷樣品置于牛的瘤胃中培養(yǎng)72小時，然后對附著在柳枝稷樣品上的所有微生物進行宏基因組測序（268G）。獲得了大量碳水化合物活性基因，對其中部分基因表達后得到產(chǎn)物進行研究，發(fā)現(xiàn)57%蛋白酶產(chǎn)物對植物中的纖維素顯示出活性， 屬于可分解纖維素的酶。此外通過測序結(jié)果組裝了15種無法培養(yǎng)的微生物基因組，并通過其他方法得到證實。
研究方法：
結(jié)果分析：
候選基因與碳水化合物活性酶（CAZy）的數(shù)據(jù)庫進行序列比對，發(fā)現(xiàn)存在較高的相似性
宏基因組測序獲得15種無法培養(yǎng)的微生物序列。
宏基因組測序獲得15種無法培養(yǎng)的微生物序列
